データベースの物理的設計は、データベースの格納法法や管理方法を決定する。この際には、ディスク容量の見積もりやメモリ量の見積もりが重要となる。

ディスク容量の見積もり

データベースでは、B木(以降で解説予定)などが用いられることが1つのB木のノード(データブロック)の構造をおおまかに示す。各データブロックには、そのブロックを管理するためのページ制御の情報と、実データへのポインタとなるスロット情報と、実データからなる。

実データは、すべてのデータが固定長であれば、そのデータ長とブロック毎のデータ数にページ制御の容量を加えれば良い。しかし、データ長は可変であることが多い。この場合は、データの更新でデータ長が長くなると、その後ろのデータをずらす処理が頻発すると、データ管理の効率が悪い。

そこで、実データの間には、データ長が増えた時の空き領域を設けておく。この比率がPCTFREEと呼ばれ、この領域が埋まった時にのみデータをずらす処理を行う。

また、データベースへのデータの削除を行う場合、データが１つ消える度にデータブロックの構成を変化させると効率が悪く、通常はデータ削除の目印をつけるだけとすることが多い。データ削除で空きがふえた時だけ、データブロックの構成を変えたり、データ追加の際にデータを追加する。この比率は、PCTUSEDと呼ばれる。

このため、ハードディスク容量の見積もりでは、PCTFREE,PCTUSEDを考慮する必要がある。

一般的には、容量を減らす観点であれば、PCTFREEはなるべく小さく、PCTUSEDはなるべく大きい方が望ましいが、データの更新で追加・削除・修正が頻発するのであれば、PCTFREEはある程度大きく、PCTUSEDはある程度小さい方がよい。このため、PCTFREE+PCTUSED < 100 となるようにチューニングすることが多い。

また、実際のデータとは別に、データを高速に検索するためのインデックスファイルが作られるので、この容量も別途考慮が必要となる。